Orgelbaumeister Gregor Hradetzky aus Krems war mit dem Bau einer 12 Registerorgel beauftragt worden. Sie sollte zum goldenen Priesterjubiläum von Pf. Machtlinger erklingen. Tatsächlich sollte sie erst einige Wochen später fertig werden. Am 29. September 1974 war das Fest der Orgelweihe.
Im Jahr 1997 hat der pensionierte Pfarrer Hermann Füeßl von Grainet, der in Pühret wohnhaft war, der Pfarrkirche Pühret ein Legat für die Erweiterung der bestehenden Orgel vermacht. Nach seinem Tod wurde das Legat flüssig und die Pfarre konnte ein Orgelprojekt in Auftrag geben, bei dem Orgelbaumeister Andreas Kaltenbrunner aus Scharnstein den Zuschlag erhielt. Die um 6 Register erweiterte und mit neuem Gehäuse versehene Orgel sollte zum 50. Jahrestag der Kirchweihe in Pühret erklingen.
Die Orgelweihe am 3. August 2003 vollzog Altbischof Franz X. Eder von Passau aus dessen Zuständigkeit der Spender stammte.